La création de cette agence, annoncée en 2017 par le président de la République lors de la Conférence nationale des territoires, est une réponse aux demandes des élus locaux, représentés en particulier par l'AMF. Les représentants d'élus souhaitaient une simplification du paysage des opérateurs de l'Etat intervenant pour la cohésion des territoires.
La proposition de loi, présentée au Sénat le 2 octobre 2018 et largement réécrite par les députés, a été adoptée en première lecture par l'Assemblée Nationale le 13 mars 2019.
L'Agence nationale de la cohésion des territoires (ANCT) sera un établissement public de l'Etat, regroupant trois structures existantes : l’Établissement public national d’aménagement et de restructuration des espaces commerciaux et artisanaux (Épareca), le Commissariat général à l’égalité des territoires (CGET) et l’Agence du numérique. Elle pourrait également mobiliser d'autres opérateurs, notamment l’Ademe, le Cerema, l’Anru et l’Anah. Les préfets en seraient les uniques représentants pour les porteurs de projets, il n'y aurait pas, matériellement, d'officine ANCT.
Cette agence aura pour mission de soutenir les collectivités territoriales dans la définition et la mise en oeuvre de leurs projets, notamment pour l’aménagement des centres-villes, la présence de services publics, les transports, la lutte contre le changement climatique, etc. L’Agence est compétente sur l’ensemble du territoire.
L’agence devra notamment assurer une mission de "veille et d’alerte afin de sensibiliser et d’informer" les administrations, les ministères et les opérateurs sur les impacts territoriaux de leurs décisions. Elle devra également aider les porteurs de projets à mobiliser des fonds européens structurels et d’investissement. L’agence "coordonne" l’utilisation de ces fonds (rôle aujourd’hui dévolu au CGET). En commission, les députés ont ajouté, parmi les cibles prioritaires de l’agence, les territoires connaissant des "difficultés sociales", visant explicitement les territoires de la Politique de la ville. L'agence devra aussi recenser l'offre d'ingénierie dans chaque département.
Les députés ont aussi introduit l’idée de "contrats de cohésion territoriale". Ces contrats devraient assurer la mise en œuvre déconcentrée de la politique de l’État en matière d’aménagement durable et de cohésion des territoires. Ils s’articulent avec les projets de territoires élaborés par les collectivités territoriales et leurs groupements. Ces contrats pourraient englober les contrats préexistants (les contrats de ville, les contrats de ruralité, les contrats de transition écologique…). Un territoire pourrait alors passer un contrat territorial unique avec le délégué territorial de l’agence.
Le texte placé en procédure accélérée doit maintenant faire l’objet d’une conciliation en commission mixte paritaire.