A la place de cette institution indépendante, le gouvernement crée par le décret n° 2021-716 du 4 juin 2021 un comité interministériel de la laïcité. Ce dernier reprend les compétences de l'observatoire tout en se présentant comme plus opérationnel. En effet, la finalité du nouveau comité est de « coordonner l’action du gouvernement afin de s’assurer du respect et de la promotion du principe de laïcité par l’ensemble des administrations publiques ». Ce comité est présidé par le Premier ministre et composé des ministres suivants : le ministre des affaires étrangères, le ministre chargé de l’éducation nationale, le ministre chargé de la jeunesse, le ministre chargé des sports, le ministre des armées, le ministre de l’intérieur, le ministre chargé du travail, le ministre chargé des outre-mer, le ministre chargé des collectivités territoriales, le ministre chargé de la ville, le ministre de la justice, le ministre chargé des solidarités et de la santé, le ministre chargé de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, le ministre chargé de la fonction publique, le ministre chargé de l’égalité entre les femmes et les hommes, de la diversité et de l’égalité des chances et le ministre chargé de la citoyenneté.
De leur côté, l'ancien président de l’Observatoire de la laïcité Jean-Louis Bianco et l'ancien rapporteur général Nicolas Cadène, ont annoncé début juin, la création de la Vigie de la laïcité, un organisme « indépendant et citoyen ». La Vigie de la laïcité est composée de chercheurs universitaires, mais aussi d’acteurs et de praticiens de la laïcité. La vigie est à la disposition du grand public que des acteurs de terrain, des médias ou des responsables politiques pour éclairer de son expertise tous questionnements relatifs à la laïcité.